Els enginyers d'MXR van decidir incorporar en aquest pedal una doble opció. Per un costat, el pedal pot funcionar com a un autèntic "true bypass" o, per l'altre, com a un "bypass amb buffer", perquè el músic tingui la possibilitat d'escollir la que més li convingui per obtenir la millor resolució tímbrica a la seva cadena d'efectes.

Com no podia ser d'un altre mode en un pedal d'alt rendiment com aquest, el loop es pot configurar a doble velocitat, mitja velocitat i reproducció "reverse", així com es pot connectar un pedal extern per controlar el nivell de sortida.

I per si això no era prou, el Clone Looper és capa, gràcies al seu disseny particular, de mantenir el loop encara que s'apagi la unitat.